Chùa Vĩnh Trường được xây cất năm 1849, trước đó, chùa mới chỉ là một cái am nhỏ, mái lá vách đất, quang cảnh hoang vu, do ông Bùi Công Đạt kiến tạo. Năm 1849, Hòa thượng Huệ Đăng khởi tạo xây chùa, ngoài việc lo kinh kệ, Huệ Đăng còn gánh đất đắp nền cùng với nhiều đạo hữu đến giúp. Năm 1864, Hòa Thượng Huệ Đăng mất trong lúc công việc chưa hoàn tất. Do Sư không có đệ tử kế truyền nên bổn đạo thỉnh ông Minh Đề làm trụ trì.

Năm 1878, Hòa thượng Minh Đề tịch hòa thượng Quản Ân thay thế được một thời gian rồi đi du học ở Thái Lan. Bổn đạo thỉnh sư Minh Truyện về chủ trì được một thời gian rồi cũng chuyển đi nơi khác. Vì chùa không có người chủ trì nên phật tử trong bổn đạo họp nhau lại bàn bạc và nhất trí đến hội ý Hòa thượng Tổ Từ Trung, Hoà thượng Trung (chùa Bửu Lâm, Mỹ Tho) đến thỉnh Hòa thượng Trà Chánh Hậu (hiệu là Quảng Ân) về trụ trì, tiếp tục công việc của Hòa thượng Huệ Đăng.

Năm 1907, Hòa thượng Trà Chánh Hậu bắt đầu trùng tu lại ngôi chùa, tầng 1 của gian chánh điện được xây cất. Hòa thượng Lê Ngọc Xuyên, pháp danh Tục Thông, tự Tâm Liễu, pháp hiệu An Lạc là đệ tử kế thế của Hòa thượng Quảng Ân lên thay. Đến năm 1930, Sư lo chỉnh trang nóc chùa và mặt dựng bốn phía chùa. Cuối 1930, chùa được hoàn tất thêm 3 gian và tầng 2 của gian chánh điện. Năm 1933, Sư cho xây 2 cổng Tam quan và xây rào xung quanh. Ngày 22 tháng 6 năm 1939, Hòa thượng Quảng Ân qua đời, thọ 67 tuổi.

Thượng tọa Thích Trí Long là đệ tử được Hòa thượng Lê Ngọc Xuyên di chúc làm Trụ trì nhưng vì Thích Trí Long mới 19 tuổi nên thầy yết ma Tục Chơn tự Tâm Giác, là anh ruột của hòa thượng Tục Thông thay quyền trụ trì và làm vị sư bảo hộ. Ngày 25 tháng 3 năm 1954, thầy Yết ma Tục Chơn mất (thọ 94 tuổi), Thượng tọa Thích Trí Long chính thức trụ trì cho đến ngày nay.